Эффективно построенная информационная система не может не внести изменений в существующую технологию планирования бюджетирования и контроля, а также управления бизнес-процессами. Внедрение системы автоматизации вносит существенные изменения в управление бизнес-процессами. Каждый документ, отображающий в информационном поле течение или завершение того или иного сквозного бизнес-процесса, в интегрированной системе создается автоматически, на основании первичного документа, открывшего процесс. Сотрудники, ответственные за этот бизнес-процесс, лишь контролируют и при необходимости вносят изменения в позиции построенных системой документов. Включение электронной обучающей системы в учебный процесс вуза является бизнес-процессом, т.е. представляет собой логичный, последовательный, взаимосвязанный набор мероприятий, который потребляет ресурсы организации и выдает результат, имеющий ценность для потребителя. Электронная обучающая система является разновидностью информационных систем, поэтому при ее внедрении возникают как характерные проблемы для большинства информационных систем, так и ряд специфических проблем.