Первая и весьма важная для Западнорусской Церкви перемена вследствие войны московского государя Ивана III с литовским Александром произошла в положении королевы Елены. Уже в то время, пока продолжалась эта война, счастливая для России, Александр начал оказывать своей супруге более внимания, нежели прежде: в 1501 г. он пожаловал ей, как мы видели, несколько своих имений, чего прежде она напрасно у него просила, и, несмотря на неоднократные настояния со стороны папы, не соглашался удалить ее от себя. Вслед за тем он подарил ей еще собственное, хотя и небольшое, село Тростенец близ Минска, которое Елена тогда же (17 генваря 1502 г.) записала на минский Вознесенский монастырь, и Александр подтвердил эту запись своею грамотою (10 марта 1502 г.). Потому в следующем году, пред заключением перемирия между Москвою и Литвою Елена не без основания писала к отцу и говорила ему чрез своего канцлера Сапегу, что муж ее любит и жалует и дает ей волю держаться греческого закона и обычаев, и выражала уверенность, что, пока Александр жив, она не ожидает себе никакого принуждения в вере. По заключении перемирия (1503) Александр сделал своей супруге еще более значительный подарок: записал за нею в пожизненное владение город, или замок, Могилев со всею его областию и крестьянами. А чтобы освободить себя от укоров латинского духовенства и собственной совести, Александр просил нового папу Юлия II разрешить его от тяжких обязательств, наложенных на него прежним папою Александром VI по отношению к Елене, объясняя, что ни принуждать ее к римскому закону, ни удалить ее от себя за ее непреклонность в греческом законе не может, потому что в таком случае отец ее, московский великий князь, наверно вновь поднимет войну на Литовское государство и причинит ему много зла. И новый папа принял просьбу короля, дозволил ему (22 августа 1505 г.) терпеть Елену, несмотря на ее упорство в своем законе, жить с нею как с супругою и не принуждать ее к латинству, по крайней мере, пока не скончается ее отец, уже дряхлый, или не представится к тому другого удобного случая, прибавив, однако ж: «Если только Елена будет содержать декреты Флорентийского Собора, не будет презирать обрядов латинских и никого не станет приводить к своей русской секте». Московский государь Иван Васильевич скончался через два месяца (28 октября), но сын и преемник его, Василий Иванович, посылая послов своих с известием об этом и о своем вступлении на престол к королю Александру, прежде всего требовал, чтобы он в силу постановленного договора не принуждал своей жены, а его сестры королевы Елены к римскому закону, и Александр остался верен этому договору до самой своей смерти, последовавшей в конце ноября 1506 г.
      Новое значение и силу королевы Елены вскоре увидели все православные, когда по ее указанию и ходатайству избран был для них и утвержден королем Александром новый митрополит Иона II. И этот выбор тем более был им дорог и приятен, что оказался впоследствии весьма благотворным для Церкви. По сознанию самих униатских писателей, Иона был человек благочестивый, хота и простой, и до того был привержен к своей вере, что с его времени Русь снова поворотила к схизме, схизма вновь подняла свою голову и утвердилась в странах великого княжества Литовского и польских; за ним как пастырем-схизматиком открыто последовали его духовные овцы, и не только низший класс народа, но и шляхта и вельможи, поколебавшиеся было прежде. На митрополию он избран, по словам тех же писателей, из архимандритов минского Вознесенского монастыря, которому покровительствовала Елена, а родом был будто бы из Москвы, где и напитался такою упорною привязанностью к схизме. До поступления в монашество не был ли Иона священником и духовником Елены после попа Фомы, прибывшего с нею, о котором потом (в 1497 г.) она отзывалась своему отцу: «Поп Фома не по мне», присовокупляя: «А есть со мною другой поп из Вильны, и он добре добр»? И не потому ли Елена благодетельствовала минскому монастырю, что там настоятельствовал ее бывший духовник; не потому ли и ходатайствовала об избрании его в митрополита, что близко знала его и уважала? Как бы то ни было, несомненно одно, что до своего монашества Иона был женат и имел детей. Время избрания его на митрополию с точностию неизвестно, но в марте 1502 г. он был еще настоятелем минского Вознесенского монастыря, а в октябре 1503 г. уже назывался «освященным епископом, нареченным митрополитом Киевским и всея Руси» и совершил освящение великой церкви Супрасльского монастыря во имя Благовещения и двух ее приделов: одного во имя святых мучеников Бориса и Глеба, а другого во имя преподобных Антония и Феодосия Печерских. Благословение же и поставление на митрополию Иона получил, по всей вероятности, от Цареградского патриарха Пахомия, который в 1504 г. первосвятительствовал несколько месяцев.
      Дав русским такого достойного архипастыря по желанию своей супруги, Александр не переставал оказывать им и другие знаки своего внимания. В 1503 г. (июля 16) он подтвердил уставную грамоту жителям Витебска, в которой, между прочим, обещал не вступаться в их православные церкви и церковные домы и ни в чем не нарушать прав русской веры, даже если бы ее содержали некоторые из литовцев или поляков, крестившиеся прежде. В том же году пожаловал Полоцкому владыке Луке в один день (26 декабря) две грамоты: одною возвратил ему села и земли, которые за четыре года прежде отнял у него и передал соборным клирошанам; а другою подтвердил ему ту самую грамоту о правах церковных, по Свитку Ярославову, и даже в тех же выражениях, которую дал прежде (1499) русскому духовенству. В 1504 г., марта 15, по просьбе Холмского владыки подтвердил ему грамоту короля Владислава 1443 г., марта 22, которою ограждались все прежние права русского духовенства, судебные и имущественные, и оно приравнивалось по правам духовенству римскому. При осаде города Смоленска московским войском и во время произведенных им опустошений в окрестных местах (около половины 1502 г.) нареченный владыка Смоленский Иосиф (Солтан) показал королю Александру верную службу против неприятеля и сам потерпел немалый убыток, так как неприятель многие его волости церковные забрал, а другие совсем разорил. За это король пожаловал (15 сентября 1504 г.) Иосифу в Бельском уезде три небольшие имения: Топилец, Батюты и Пыщево в полную и вечную собственность. В следующем году по просьбе того же владыки Иосифа вместе с князьями, боярами и всеми жителями земли Смоленской Александр подтвердил (1 марта) жалованную им грамоту о неприкосновенности их православной веры и других прав и вольностей и дал обещание: «Напервей нам христианства греческого закону не рушити, налоги на их веру не чинити, а в церковные земли и в воды не вступатися, також в монастыри». Через год пожаловал (3 марта) Киево-Николаевскому Пустынскому монастырю грамоту на владение купленною землею и угодьями. Неизвестно, в каком именно году Туровский и Пинский владыка Вассиан жаловался королю Александру, что пинские князья Иван и Федор Иванович Ярославичи без ведома и благословения его, владыки, закладают и строят по городам и волостям церкви, определяют к тем церквам попов, судят их и совсем освобождают их от послушания владыке. Александр признал жалобу справедливою и присудил, чтобы все церкви, построенные Ярославичами без воли и благословения владыки, отданы были в его ведение вместе с священниками и чтобы впредь во всей «парафии» Туровской и Пинской светские люди, князья, бояре и другие без воли и благословения владыки церквей и монастырей не закладывали и не строили, священников к ним не определяли и ни в какие духовные справы не вступались под опасением штрафа в три тысячи коп литовских на государя. Но с другой стороны, Александр не переставал делать и такие распоряжения, которые не могли служить на пользу православной Церкви: он отдал (12 сентября 1504 г.) Пересопницкий монастырь со всеми его селами, землями и угодьями во владение княгине Марии Чарторыйской, а через полгода – сыну ее, князю Федору Чарторыйскому, и его потомкам.
      Александр не усомнился войти в непосредственное сношение даже с Цареградским патриархом Иоакимом, тем самым, которого папа в своей грамоте к нему, Александру, как мы видели, назвал еретиком и незаконно поставленным на патриаршество. Король написал к патриарху письмо, которым извещал, что «маршалок его державы, правоверный и знаменитый господин Александр Иванович Ходкевич основал и построил на собственные средства в своей наследственной отчине – в Блудовских лесах, на берегу реки Супрасли славный монастырь в честь Пречистой и Преблаженной Девы Марии, Богородицы», Тогда же написал к патриарху и сам Ходкевич, что построил в своей обители прекрасный храм, с большими издержками, и обеспечил средства для существования как храма, так и обители на вечные времена вместе с Смоленским епископом Иосифом. В ответ на эти письма Вселенский патриарх прислал (1505) в Супрасльский монастырь свою благословенную грамоту, в которой прежде всего благословляет вкладчиков, или благотворителей, святой обители, боярина Александра и епископа Смоленского Иосифа, потом самую обитель; утверждает ее правила и устав и заповедует, чтобы в обители непрестанно поминаемы были в молитвах названные ее благотворители, чтобы братия избирали себе игумена из собственной среды, не употребляли хмельных напитков и без воли игумена не выходили даже за монастырские ворота; наконец, чтобы между братиями существовало совершеннейшее общежитие и ни один монах не держал у себя ни денег, ни иной какой вещи, а отдавал все на хранение избранному братством казнохранителю. Смоленский епископ Иосиф, который в грамоте патриаршей наравне с Ходкевичем назван благотворителем Супрасльской обители, пожертвовал ей те самые три небольшие села в Бельском уезде, которые получил от короля Александра за свои заслуги. Пожертвование это было сделано, без сомнения, еще до письма, посланного Ходкевичем к патриарху, но грамоту в подтверждение своего пожертвования Иосиф дал обители уже 11 мая 1506 г.
      Из действий самого митрополита Ионы известны немногие. Во время войны Ивана Васильевича с Александром взят был в плен московским войском в числе других и сын Ионы Сенька Кривой. В 1505 г., когда к новому московскому великому князю, Василию Ивановичу, приходил посол от польского короля, присылал и митрополит Иона своего человека к Московскому митрополиту Симону и просил исходатайствовать его сыну Сеньке освобождение из плена на обмен одного боярского сына. Но ходатайство Симона не имело успеха, потому что государю хотелось обменять митрополичьего сына не на одного, а на двух боярских детей. В следующем году, также с послом королевским, Иона снова прислал в Москву своего человека и просил о сыне. В этот раз Василий Иванович, снисходя на просьбу Ионы, а более на ходатайство своего Московского митрополита и бояр, повелел отпустить Сеньку Кривого в обмен на одного сына боярского, хотя, как далее увидим, обмен состоялся еще нескоро.
      Во время той же войны Ивана Васильевича с Александром московское войско после неудачной осады Смоленска, опустошая литовские области, доходило и до Гродны и здесь разорило Коложский монастырь и в нем церковь святых мучеников Бориса и Глеба. Нашелся благотворитель и для этой обители – некто Богуш Боговитинович, писарь королевский, городничий трокский. Он воздвиг и обновил, на собственные средства, церковь и монастырь, снабдил их всем необходимым и пожертвовал им село свое Чащевичи с землями и всеми угодьями, на что и выдал монастырю запись в 20-й день июля 1506 г. в присутствии митрополита Ионы и Смоленского владыки Иосифа. В то же время митрополит Иона по просьбе Боговитиновича дал монастырю благословенную грамоту (от 20 июля 1506 г.), в которой отказался за себя и своих преемников от всех доходов, собиравшихся дотоле в митрополичью казну с этого монастыря, как-то: от сборных куниц, подъездов, стаций, поклонов и иных, и предоставил навсегда ктитору храма Богушу вместе с монастырскою братиею избирать игуменов и подавать им монастырь по своей воле, только с благословения митрополита и без всякой мзды ему за благословение. Под грамотою своею Иона подписался так: «Волею Божею, Иона архиепископ метрополит Киевски и всея Руси се писах моею рукою». Эту грамоту митрополита, равно как и фундушевую запись Боговитиновича, спустя год подтвердил и новый король польский Сигизмунд своею грамотою, которою передал Коложский Борисоглебский монастырь во власть, «опеканье» и подаванье пану Боговитиновичу, с тем чтобы митрополит и епархиальный архиерей не вступались ни в монастырь, ни в церковь и никаких доходов и подачек с них не брали, а преподавали только благословение избранному игумену.
      Под конец своей жизни, но находясь еще в здоровом состоянии, митрополит Иона составил два духовных завещания. В одном расписал часть своего имущества на церкви Божии для спасения своей души; в другом – некоторую сумму золотых и иного своего имущества назначил своему государю, еще некоторую распределил между своими приятелями и слугами и в особенности перечислил все вещи и деньги, которые должны принадлежать сыну его Сеньке, находившемуся еще в плену московском. Оба эти завещания Иона представил королю Сигизмунду и бил челом утвердить их, чтобы ни при жизни его, митрополита, ни по смерти завещания никем не были нарушены и все вещи были розданы по назначению, а вещи сына его сохранялись в целости, пока он не освободится из плена. Король уважил желание первосвятителя и оба его завещания утвердил своею грамотою в 9-й день июля 1507 г. Кончину митрополита Ионы надобно относить к последним месяцам того же 1507 г., судя по тому, что в начале следующего года, как увидим, был уже другой митрополит Киевский и всея Руси.
      Были во дни митрополита Ионы и другие знатные лица кроме известных уже нам маршалка Ходкевича и королевского писаря Боговитиновича, делавшие вклады и пожертвования на православные церкви и монастыри. Князь Федор Иванович Ярославич пинский, соорудив в имении своем Ставке церковь святых Иоакима и Анны, наделил ее (1504) пахотными и бортными землями, сеножатями и рыбными ловлями, назначил священнику ее десятину ржи и всякого ярового хлеба из своего нового двора и по семидесяти грошей ежегодно. Князь Михаил Иванович Мстиславский, благотворивший и прежде Мстиславскому Пустынскому монастырю, прибавил ему (1505) еще медовую и денежную дани из своих имений. Князь Димитрий Путятич, воевода киевский, не успел оставить духовного завещания, но душеприказчик его князь Михаил Глинский сам назначил и раздал по душе его с соизволения короля Александра пожертвования на церкви и монастыри. Грамота королевская (от 29 апреля 1506 г.), в которой излагается и утверждается это распоряжение Глинского, представляет собою весьма любопытный исторический документ. Из нее можно видеть, сколько было тогда в Западнорусской Церкви православных архиерейских кафедр, сколько церквей в Вильне и какие церкви и монастыри считались наиболее уважаемыми. Самые большие вклады из оставшихся имений покойного князя Путятича сделаны на монастырь Киево-Печерский, в котором погребены были родители его и он сам, и на виленский Пречистенский собор: первому назначены половина крестьян, данников покойного князя, по имени Зеремцов, живших за Березиною, и устав меда, который шел с них; последнему – другая половина тех же данников и такой же устав меда. Затем дано по десяти коп грошей на каждый из архиерейских синодиков для поминовения покойного князя, и именно на синодики: митрополичий, смоленский, полоцкий, володимерский, луцкий, туровский, перемышльский и холмский, всего – на восемь. Далее – десять коп грошей на виленский Троицкий монастырь и по две копы грошей на двенадцать виленских церквей, которых, следовательно, вместе с Пречистенским собором и Троицким монастырем, было в Вильне четырнадцать. Еще далее назначено по десяти коп грошей: в Новогрудке на две церкви – Пречистой и святых мучеников Бориса и Глеба, в Минске на Вознесенский монастырь, в Гродне на церковь Пречистой и на монастырь Бориса и Глеба, в Смоленске на соборную церковь Пречистой и на общежительные монастыри – Троицкий и Спасский, в Витебске на соборную церковь святого Михаила, в Полоцке на Софийский собор, в Бресте на соборную церковь святого Николая, во Владимире на церковь Пречистой, в Луцке на церковь святого Иоанна Богослова и на Жидичинский Николаевский монастырь, в Холме на церковь Пречистой, в Перемышле на соборную церковь, в имениях покойного князя на Троицкий монастырь и еще на какой-то Пустынский монастырь пана Александра (вероятно, Ходкевича, т. е. Супрасльский). Наконец, на Спасскую церковь в Люблине назначено пять коп грошей и на семь церквей в имениях покойного князя Путятича по копе грошей.

      Отпуская послов нового польского короля и великого князя литовского Сигизмунда, приходивших в Москву с вестию о его вступлении на престол, московский государь Василий Иванович (в марте 1507 г.