Однако императорская власть уничтожена не была. Императоры были оставлены на престоле как носители исконных верховных жреческих функций. Резиденцией сёгуна и его правительства-бакуфу стал место главной ставки Минамото — селение Камакура. К XIII веку в Японии окончательно сложились ленные отношения. Крупные феодальные сеньоры и мелкие вассалы составили служилое дворянство, представителей которых в Европе обозначают словом «самураи» (букв. «слуги»), в Японии же обычно — словом «буси» (букв. «воин»). Основная масса служилого дворянства распадалась на два слоя — наиболее привилегированную часть, так называемых гокэнин (вассалы), т.е. непосредственные вассалы сёгуна, и хигокэннин (невассалы).

В 1603 году пришел к власти дом Токугава и его глава Токугава Иэясу принял титул сёгуна. Страна была поделена на 200 с лишним феодальных уделов (хан, т.е. владение, приносящее ежегодно не менее десяти тысяч коку (единица меры риса, примерно 150кг) дохода), в главе которых стояли наследственные и почти независимые правители-даймё, т.е. феодальные князья.

Внутренняя структура дворянства несколько изменилась. Во главе привилегированного сословия самураев стоял верховный сюзерен, имевший прежнее наименование сёгуна. На ступень ниже стояли его непосредственные вассалы, бывшие сподвижники Токугавы Иэясу. Затем шли посторонние князья (тодзамадаймё), т.е. прочие крупные феодалы, не связанные с домом Токугава прямым вассалитетом и которых Токугава подчинил силой оружия. Существовал и особый слой самураев, так называемые хатамото-самураи, находившиеся в непосредственном подчинении правительства сёгуна. Их насчитывалось около пяти тысяч. Они составляли слой феодального чиновничества, их земельные владения уступали владениям даймё.