В адвентистской литературе по истории этого движения указывается, что быстрая экспансия Церкви адвентистов седьмого дня как внутри США, так и за их пределами поставила перед ее руководством весьма сложную и весьма важную для дальнейшего развития организации проблему – как финансировать все направления деятельности Церкви. Адвентистские историки Церкви указывают также, что сложность решения этой проблемы была в конце XIX в. усугублена тем, что в конце 90-х годов США переживали одну из сложнейших экономических депрессий. С целью выхода из кризиса был разработан план мероприятий, должных облегчить выход Церкви из финансового кризиса. Издательские и медицинские учреждения Церкви были переведены в значительной степени на самофинансирование. Была введена дифференциация пожертвований среди адвентистского населения США. Принято было решение о «честной десятине»: в итоге жители более благополучных в экономическом отношении регионов США стали жертвовать больше, чем адвентисты тех регионов, которые отличались стопроцентной безработицей. Была разработана целая программа экономии средств Церкви для того, чтобы не прекратилось финансирование ее миссионерской деятельности за рубежом. Частью этой программы явилось сокращение заработной платы штатных работников церкви на 25 процентов, что неожиданно привело и к росту пожертвований со стороны мирян: последние, увидев, что их лидеры жертвуют во имя благополучия Церкви, увеличили свои отчисления на различные церковные мероприятия. На Генеральной Конференции также было принято решение о том, что отныне начинается «жизнь без долгов»: прекращалась практика выдачи беспроцентных ссуд на различные образовательные, медицинские, издательские проекты, каждый из которых отныне должен был иметь экономическое обоснование и, конечно же, быть прибыльным в итоге.
      Другой проблемой, с которой столкнулась в конце XIX в. Церковь адвентистов седьмого дня, считают адвентистские авторы, пишущие по истории этого движения, были организационные трудности, трудности, которые эти авторы называют трудностями роста, как самой Церкви, так и ее различных институтов, в первую очередь медицинского, образовательного и издательского плана. Необходимо было постоянно поддерживать отличие адвентистских образовательных учреждений от государственных, бороться с тем, чтобы издательские менеджеры и технический персонал типографий и издательств в погоне за прибылью и зарплатой не забывали о своей главной задаче – о пропаганде адвентистского вероучения. Среди трудностей такого плана, вставших в 90-е годы перед Церковью адвентистов седьмого дня, на одно из первых мест адвентистские историки ставят проблему церковных медицинских учреждений, персонал которых, по их словам, также совершил крен в сторону своих профессиональных функций в ущерб евангелически-миссионерских. Во главе всех медицинских учреждений Церкви АСД в те годы стоял адвентистский лидер доктор Дж. Х. Кэллог.
      Все это вместе взятое, указывается в адвентистской литературе по истории Церкви, и особенно стремительный ее рост за пределами США в различных странах и континентах, обусловило необходимость в реорганизации Церкви, ибо слишком непомерный объем работы и слишком большая ответственность легла на плечи центрального адвентистского руководства. Ему приходилось принимать решения по существу на мировом уровне притом, что нередко ему была неведомо реальное положение дел в наиболее отдаленных уголках земного шара. Большое внимание необходимости децентрализации работы церкви уделяла Эллен Уайт во время еще своего пребывания в Австралии. Особенно она критиковала именно деятельность Баттл-Крикского центра. Она призывала к децентрализации работы в городе, ибо, помимо того, что Баттл-Крик был резиденцией Генеральной Конференции, там же нашли себе пристанище и Адвентистское издательство, и Баттл-Крикский санаторий, и Баттл-Крикский колледж. По мнению Эллен Уайт, слишком большое количество адвентистов и адвентистских руководящих и иных структур и институтов оказалось в одном маленьком городке. И во благо сохранения и дальнейшего развития Церкви она не уставала призывать ее лидеров к децентрализации.
      Помимо всего прочего, отмечают адвентистские историки, характеризуя этот этап развития своей Церкви, деятельность многих церковных учреждений, институтов и организаций была невзаимосвязанной, действия их носили разобщенный характер; несмотря на то, что руководство этими организациями и филиалами находилось в Баттл-Крике, тем не менее принимались часто несогласованные с прочими учреждениями решения. Очевидной стала необходимость в организации единой гармоничной и отлаженной системы управления. В качестве примера вышеуказанные историки приводят характерный для деятельности Церкви тех лет факт: и Генеральная, и Международное миссионерское общество и Ассоциация медицинских миссий и благотворительности – все они ведали посылкой миссионеров в различные уголки планеты.
      Именно о таких организациях и независимых филиалах стала говорить и писать в те годы Эллен Уайт, характеризуя их как «маленькие царства», в которых царят и правят «маленькие царьки». Среди них своими претензиями на независимость выделялась Ассоциация медицинских миссий и благотворительности, в составе которой состояло больше членов, чем во всех других адвентистских организациях вместе взятых. Руководство этой Ассоциацией осуществлял известный адвентистский деятель, предприимчивый, энергичный и талантливый организатор, доктор Джон Х. Келлог, который, обуреваемый идеей полной независимости от церковного руководства, пытался высвободить из-под контроля последнего все медицинские учреждения Церкви. О планах Келлога знала и Эллен Уайт, о чем свидетельствует ее переписка с доктором. Она относилась к доктору очень мягко и осторожно, зная его еще с его молодых лет, когда он, будучи близким другом семейства Уайт, нашел в доме Уайтов свою вторую семью, нередко питаясь там и ночуя. Сам Кэллог испытывал большое уважение к миссис Уайт, любезно предоставил ей после ее возвращения из Австралии в Америку свой дом. По этой причине Эллен Уайт, хотя и упрекала Келлога, но делала это очень вежливо, призывая его к осторожности и неспешности в словах и делах. Келлог, по оценке Уайт, будучи специалистом в медицинской сфере и даже зная все принципы адвентистского здорового образа жизни, продолжал пренебрегать их практическим применением, что, в частности, нашло свое выражение и в его позиции в вопросе о размерах зданий медучреждений церкви. Эллен Уайт не уставала повторять, что адвентисты должны стремиться к созданию небольших медицинских учреждений в различных местах с целью достижения охвата их услугами максимально большого числа больных и нуждающихся в лечении. А Келлог же настаивал на крупных стационарах, стремясь, как подчеркивают историки адвентистской Церкви, к росту собственного престижа.
      Помимо всего прочего, доктор Келлог вскоре стал высказывать еретические, с точки зрения адвентистских авторитетов, взгляды, начав исповедовать и пропагандировать, по мнению этих же авторитетов, пантеистические взгляды. Эллен Уайт относилась к числу этих авторитетов и, зная о взглядах Келлога, считая их вредным для дела адвентизма пантеизмом, пыталась убедить Келлога отказаться от них. Однако последний не последовал призыву Уайт и вскоре развил свои взгляды в своей книге «Живой храм». Из-за того, что ее содержание было пронизано пантеизмом, хотя и было посвящено медицинским проблемам, Церковь отказалась от ее издания и распространения. Тогда Келлог в частном порядке издал свое сочинение. У него даже нашлись сторонники из числа адвентистов, так что проблема Келлога даже обсуждалась на одном из заседаний осеннего созыва Генеральной Конференции 1903 года. После длительных дебатов, длившихся целый день, только благодаря усилиям Эллен Уайт позиция и взгляды Келлога были осуждены и также было запрещено распространять и продавать сочинения «Живой храм» членами Церкви. Осуждены были и действия Келлога по изъятию некоторых медицинских учреждений из собственности Церкви.
      Большую роль в осуждении взглядов и учения Келлога сыграл тогда также и тогдашний президент Генеральной Конференции А. Дж. Даниельс, который поддержал Э. Уайт и против которого плел интриги, с целью занятия его кресла, сам Келлог. Разногласия Церкви с Келлогом длились годами, вплоть до 1905 г., т. е. почти два десятилетия, и значительно осложнили развитие Церкви, ее учреждений в это время.
      Были услышаны в это время и постоянные призывы Эллен Уайт к административному реструктурированию церкви. Попытки реорганизовать церковь, ее управление предпринимались неоднократно в конце XIX – начале ХХ вв., пока в конце концов не сложилась та структура Церкви адвентистов седьмого дня, которая существует и по сей день. Вопросы организации и реорганизации Церкви заслушивались почти на каждой очередной сессии Генеральной Конференции.
      Еще в 1887 г. делегаты Генеральной Конференции, осознав резко возросший объем работы, обрушившийся на президента Конференции, ввели должность секретарей для работы с документами, курирующих такие важные направления деятельности Церкви, как образование, внутренние миссии и внешние миссии. В 1888 г. исполком Генеральной Конференции разделил США и Канаду на 6 округов, поставив во главе каждого одного из членов комитета для управления округом. Были созданы Восточный, Южный, Центральный, Юго-Западный округ Тихо-Океанского побережья Америки. В 1893 г. на сессии Генеральной Конференции ее очередной президент Олсен заявил, что в Церкви сложилось мнение, что сложность структуры адвентистской организации затрудняет ее эффективную работу и предложил ликвидировать некоторые ее административные подразделения. К тому времени в управленческий этаж адвентистской организационной структуры входили такие самостоятельные административные единицы, как: существовавшая с 1879 г. Ассоциация американского здоровья (правильного образа жизни) и воздержания (Temperance); Управление зарубежных миссий (с 1889 г.); Международное трактатное и миссионерское общество (с 1874 г.); Национальная ассоциация религиозной свободы (с 1889 г.); Общество образования адвентистов седьмого дня (с 1873 г.); юридический Отдел управления Колледжем в Баттл-Крике; Адвентистское издательство (с 1861 г.); журналистское предприятие «Ревью энд Херальд»; Ассоциация Генеральной Конференции (с 1887 г.) – юридическая корпорация, владеющая и управляющая собственностью Церкви. Однако усилия Олсена ни к чему не привели: на сессии Генеральной Конференции 1893 г. не была ликвидирована ни одна из перечисленных выше единиц; напротив, к ним добавилась новая – Ассоциация Медицинских миссий и благотворительности, во главе которой встал избранный большинством голосов уже упоминавшийся доктор Келлог.
      Проводились по инициативе того же Олсена экперименты по совершенствованию регионально-территориального деления адвентистских организаций с целью придания им большей самостоятельности и активности в вопросах евангелизации, образования, медицины и пропаганды здорового образа жизни. Так, Олсен попытался оформить региональный дивизион как группу нескольких локальных конференций в одно целое, которое должно было, по мнению Олсена, служить промежуточным звеном между Генеральной Конференцией и конференциями штатов. Эти новые региональные (district) конференции должны были координировать работу различных адвентистских ассоциаций внутри региона, управлять собственностью Церкви на территории этого региона, проводить промежуточные, раз в два года, конференции в промежутках между сессиями Генеральной Конференции, которая также проходила раз в два года, и выбирать делегатов на последнюю. Примером для этого эксперимента послужил опыт управления церковью под руководством Елены Уайт в Новой Зеландии и Австралии, а также в Западной Европе. Завершились эти эксперименты в 1901 г. на очередной сессии Генеральной Конференции. Накануне открытия этой Конференции все адвентистские лидеры пришли к единому мнению, что именно вопросы организационной структуры и управления церковью должны стать главным предметом на этой Сессии. Было принято решение настоятельно просить Эллен Уайт присутствовать в виду ее постоянного призыва к реорганизации адвентистской структуры. За день до открытия Генеральной Конференции, недавно вернувшаяся из Австралии Эллен Уайт, собрала на совещание всех руководителей Церкви, на котором она охарактеризовала главные трудности, с которыми столкнулась церковь, высказал при этом свой взгляд на необходимость ее реорганизации. В частности, она подчеркнула недостаточность поддержки зарубежных миссий, их зависимость от решений, принимавшихся в далеком Баттл-Крике, руководство которого нередко плохо разбиралось в делах на местах.
      В соответствии с рекомендациями Эллен Уайт на открывшейся сессии Генеральной Конференции 1901 г. было принято решение об организации Униона – объединения местных конференций. Руководство ими было возложено на местные административные органы, которые тем самым получали реальную возможность влиять на жизнь Церкви на местах, в том числе получили право самостоятельно принимать безотлагательные решения по всему спектру местных вопросов и проблем, не дожидаясь санкции центральных органов в Баттл-Крике. Это в значительной степени повышало их действенность сравнительно со старой системой управления. За Генеральной Конференцией оставалась прерогатива принятия решений по важнейшим проблемам мирового масштаба, планирования тактики и стратегии деятельности Церкви в планетарном размере, теологического характера и т.д.
      Нововведением этой Генеральной Конференции был отказ от избрания президента Конференции и передача властных полномочий не в руки одного лица, а исполнительного комитета, состоящего из 25 человек, избираемого всеми делегатами Конференции. Эта мера, по мнению адвентистских историков, оказалась в будущем неэффективной и даже принесла целый ряд осложнений. В 1901 же году, когда был впервые избран этот комитет, все его 25 членов единогласно провозгласили своим председателем Артура Дж. Дэниеллса, которому в то время был сорок один год и который находился в расцвете сил. Это был прирожденный администратор, талантливый и независимый мыслитель – так его характеризуют в адвентистской литературе по истории Церкви. Приступив к практической деятельности, Дэниеллс вскоре столкнулся с чисто юридическими проблемами, не имея президентского статуса, и вынужден был даже по сути нарушить волю последней Конференции, не избравшей на этот раз своего президента, подписываясь на официальных документах Церкви как президент. Позднее, через 2 года, в 1903 г. на очередной сессии Генеральной Конференции его действия были одобрены и ратифицированы, а делегаты Конференции проголосовали за восстановление института президента Конференции, которым и стал все тот же Даниэллс. Однако не все с этим согласились. Некоторые ведущие члены Церкви вроде Келлога, Ваггонера, Джонса и других не согласились с такого рода решениями Конференции. Лидером данной оппозиции решением Генеральной Конференции 1903 г. стал Алонзо Т. Джонс, администратор вначале одной из региональных, а затем – Генеральной Конференции. Впервые он выступил 4 марта 1906 г.. на празднике Скинии в Баттл-Крике с оппозиционной речью, направленной против, как он считал, узурпации Даниэллсом президентских полномочий и решений о президентстве предыдущих Конференций. Позднее эта речь была опубликована в виде брошюры под названием «Немного истории, немного опыта и несколько фактов».
      Группа сторонников Джонса вскоре соединилась с группой Келлога, которая также вела борьбу с Даниеллсом, но во имя других целей – поставить на пост президента вместо лса доктора Келлога. Практических положительных результатов данная борьба для оппозиции не имела. В 1907 г. Исполнительный Комитет Генеральной Конференции проголосовал за то, чтобы лишить Джонса его священнического сана. В конце концов, Джонс порвал со структурами Церкви, хотя и оставался верен догматам адвентизма .
      Возвращаясь к решениям Генеральной Конференции 1901 г., следует упомянуть, что одним из вопросов повестки дня была ситуация со школой в Балтт-Крике, которая располагалась в самом городе, что не соответствовало адвентистским принципам образования, требовавшим соединения образовательного процесса с трудовым воспитанием, что было недостижимо в городских условиях. На Генеральной Конференции были предприняты попытки перенести школу в пригород, и после непродолжительной дискуссии судьба школы была решена. Вскоре был найден участок в Берриен-Спрингс, штат Мичиган. Это учебное заведение получило известность под названием Эммануильского колледжа, который явился тем самым предшественником нынешнего адвентистского Университета им. Эндрюса. Описанные события во многом произошли опять-таки благодаря вмешательству Эллен Уайт, ибо против идеи переноса школы из Баттл-Крика выступало достаточно большое количество делегатов Конференции и убедить их снять свои возражения смогла именно она.
      Вообще сам факт пребывания Эллен Уайт в США, как считают адвентистские историки, оказывал гораздо более действенное влияние на жизнь Церкви, нежели ее прошлые письма – наставления из далекой Австралии. В то время в жизни Церкви произошло несколько трагических событий. Они пришлись на 1902 год. Первая катастрофа случилась 18 февраля 1902 г., когда страшный пожар уничтожил главный корпус Баттл-Крикского адвентистского санатория, а через несколько месяцев (30 декабря того же года) произошла вторая: от пожара полностью сгорело здание центрального адвентистского издательства. На сессии Генеральной Конференции в марте 1903 г. было принято решение не восстанавливать сгоревшее здание издательства, а перенести его в другое место. Там же было решено перенести и штаб-квартиру Генеральной Конференции. Позднее подыскали и новое место для главной адвентистской резиденции, где она располагается и поныне. Издательство и саму Генеральную Конференцию перенесли в Вашингтон, округ Колумбия. Там в местечке Такома Парк (на границе между штатами Мэрилэнд и округ Колумбия) Церковь прикупила 50 акров земли. К осени планы несколько изменились. На купленной земле решили строить санаторий и колледж и приобрести еще два акра земли в округе Колумбия для строительства помещений для издательства и для офисных служб Генеральной Конференции. Быстро были собраны необходимые средства. В результате организованных действий осенняя сессия Генеральной Конференции 1903 г. прошла уже на новом месте.
      Во время работы этой сессии из Баттл-Крика приехала группа лиц во главе с доктором Келлогом, которая стала настоятельно просить делегатов Конференции разрешить продажу и распространение сочинения Келлога «Живой храм» членами Церкви. Их просьба, а также содержание указанной книги обсуждалось почти целый день, однако к единому мнению участники обсуждения не пришли. Вернувшись после дискуссии домой, президент Конференции А. Дж. Даниэллс обнаружил дома два послания от Э. Уайт. В них она подвергла критике главные положения Келлога и раскрыла ту опасность, которую его сочинение означает для Церкви. Эллен Уайт доказывала, что пантеистическая теория Келлога противоречит самим основаниям христианства. Утром на заседании комитета Даниэллс зачитал текст обоих посланий. Члены комитета согласились с точкой зрения Уайт, сочтя ее письма весьма своевременным предупреждением. Даже Келлог был вынужден согласиться с Э. Уайт и пообещать изъять книгу из продажи с тем, чтобы уничтожить все имеющиеся в ней расхождения с Библией, все те места, которые могут быть идентифицированы как пантеистические. Однако своего обещания в последующем он не выполнил, продолжая и далее вести раскольническую деятельность и мечтая об отчуждении Ассоциации медицинских миссий и благотворительности, всех относящихся к этой Ассоциации санаториев, больниц от адвентистской Церкви.